Fonden ledes af en bestyrelse på i alt fem medlemmer. De udnævnes alle af den siddende erhvervsminister. Medlemmerne og stedfortrædere udnævnes for 3 år ad gangen.

Bestyrelsen er sammensat således, at juridisk, forsikringsteknisk og regnskabsmæssig viden er repræsenteret. Formanden og næstformanden må ikke have en sådan tilknytning til et skadesforsikringsselskab, at der vil kunne opstå modsatrettede interesser mellem dem og Garantifonden.

Bestyrelsesmedlemmer gældende fra 1/11 2018:
Bestyrelsesformand

Christian C. Lund Nielsen

Næstformand

• Chefaktuar i Tryg Forsikring, Tine Buch-Kromann, indstillet af Den Danske Aktuarforening

Øvrige bestyrelsesmedlemmer

• Juridisk konsulent i Forbrugerrådet Tænk, Jakob Steenstrup, indstillet af Forbrugerrådet Tænk
• Underdirektør i DI, Kim Haggren, indstillet af DI og SMVdanmark i fællesskab
• Underdirektør i Forsikring & Pension, Hans Reymann-Carlsen, indstillet af Forsikring & Pension

Suppleant for næstformand

• Chief Risk Officer i Industriens Pension, Pernille Jul Overby, indstillet af Den Danske Aktuarforening

Øvrige suppleanter

• Seniorøkonom i Forbrugerrådet Tænk, Morten Bruun Pedersen, Indstillet af Forbrugerrådet Tænk
• Chefkonsulent i SMWdanmark, Jeppe Rosenmejer, indstillet af DI og SMWdanmark i fællesskab
• Juridisk konsulent i Forsikring & Pension, Camilla Modvig Gretved, indstillet af Forsikring & Pension